IKA Trøndelag ble opprettet som eget organ i 1987. Institusjonens nåværende navn, IKA Trøndelag, ble først tatt i bruk i 2000 da institusjonen ble et interkommunalt selskap, opprettet med hjemmel i lov om interkommunale selskaper av 29. januar 1999.
Virksomhetens øverste organ er representantskapet og leder er Anne Berit Lein, ordfører i Steinkjer kommune.
IKA Trøndelag drives på grunnlag av selskapsavtale vedtatt av medlemskommunene. Virksomheten er et eget rettssubjekt og arbeidsgiveransvaret ligger hos styret. Avtalen omhandler formål og ansvarsområde, finansiering, styrende organer, administrasjon m.m. IKA Trøndelags styre består av:
Vararepresentanter: